Kanuni Sultan Süleyman'ın Sadrazamlarından ve aynı zamanda kızı Mihrimah Sultan'ın kocası olan Damat Rüstem Paşa için Mimar Sinan'a yaptırıldı (1561). 1562 tarihli su mülknamesinde (Konyalı) caminin bittiği söylenir. Fakat ruhsatta öyle yazsa da Mimar Sinan 1562'de henüz caminin yerinin tespiti ve hazırlanmasıyla uğraşıyordu. Ortalama tamamlanması 1562-1564 arası olabilir. Caminin yerinde önceki mescidin isimleri Halil Efendi Mescidi veya Kenise (Kilise) Mescidi olarak bilinmektedir. Bu mescidin yeri çukurda kaldığı için Mimar Sinan, mescidin altına dükkânlar yaparak bir su basman meydana getirdi. Rüstem Paşa Camii, mescidin yerinde kuruldu. Evliya Çelebi de Rüstem Paşa camisinden bahsetmiştir.
Aşağıda ki vidyodan camiyi görebilirsiniz.
