Kariye, eski Yunanca kent dışı (kırsal alan) anlamındaki Khora sözcüğünün Türkçeleşmesidir. 5. yüzyılda yapılan şehir surlarından önce sur dışında bir şapelin varlığı bilinmekte olup, bu şapelin yerine ilk Khora Kilisesi, Doğu Roma Dönemi'nde İmparator Justinianos tarafından (527-565) yaptırılmıştır.
Komnenoslar Dönemi'nde Blakhernai Sarayı'nın yakınında olduğu için kilise, önemli dinî merasimlerde saray şapeli olarak kullanılmıştır.
11.yüzyılın sonlarında İmparator I. Aleksios'un (1081-1118) kayınvalidesi Maria Daukaina, tarafından yeniden inşa edilen kilise, Latin istilası (1204-1261) sırasında tahrip edilmiş, II. Andronikos (1282- 1328) döneminde ise Sarayın Hazine Nazırı Theodoros Metokhites (1313) tarafından onarılmıştır. Bu dönemde kilisenin kuzeyine bir ek, batısına eksonarteks ve güneyine şapel (Parekklesion) eklenmiş, yapı mozaik ve fresklerle bezenmiştir.
Kariye'deki mozaik ve freskler Doğu Roma resim sanatının son dönemine (14. yüzyıl) ait en güzel örneklerdir. Bu mozaik ve fresklerdeki derinlik, figürlerin hareket ve plastik değerlerinin verilişi oldukça başarılıdır.
Kariye, 1453 yılında İstanbul'un fethinden sonra da kilise olarak kullanılmış, 1511 yılında Vezir Hadım Ali Paşa tarafından camiye çevrilmiştir.1945 yılında müzeye dönüştürülen yapıdaki mozaik ve freskoların üzeri 1948-1958 yıllarında Amerikan Bizans Enstitüsü'nün yaptığı çalışmalarla açılarak ortaya çıkarılmıştır.